در طلوع  مشروطيت  و  پيدايش حزب  دموکرات  در ايران ، فرخی هم  که  يکی از آزاديخواهان يزد بود  به اين حزب پيوست. وی از ابتدا با زور و زورگویی مخالفت می ورزید. در نوروز سال 1289 شعری بر علیه مدح گویان حکومت سرود و در دارالحکومه خواند . همین امر باعث عصبانيت  ضيغم الدوله حاکم  يزد  گرديد   دستور داد دهان فرخی را با نخ و سوزن به هم دوختند و او را به زندان انداختند.

 

سرانجام بر اثر فشار مردم بر دولت بعد از دو ماه تحمل زجر و شکنجه از زندان آزاد گردید و به تهران عزیمت کرد و روزنامه  طوفان  را انتشار داد. این روزنامه بارها  توقيف  شد  ولی فرخی به توقيف روزنامه اعتنايی نمی کرد و آثارخود را در روزنامه های  ديگر مانند روزنامه ستاره شرق، روزنامه قیام و روزنامه پیکار منتشر می کرد.

در سالهای 1307 و 1309 از یزد به سمت نماینده مجلس شورای ملی انتخاب گردید. در آن زمان فقط  او و محمد رضا طلوع  که  نماينده  رشت بود با  حکومت استبدادی مخالفت می کردند و در اقلیت بودند به همين دليل اغلب از وکلا فحش و ناسزا می شنيدند. حتی   يکبار هم فرخی در مجلس  کتک می خورد و خون از دماغش جاری می شود. بعد از اين ماجرا او اعلام می کند که در مجلس هم امنيت جانی ندارد و مخفيانه از تهران فرار می کند و به مسکو و سپس به برلین می رود. در آلمان  روزنامه ای  به نام نهضت  منتشر می کند  و در آن مقالاتی  برعليه  حکومت  استبدادی  می نويسد

در برلین تیمورتاش به دیدن او می رود وبه وی از طرف شاه سابق اطمينانداد که  به ايران بازگشته و بدون دغدغه بسر ببرد.

فرخی فریب وعده های تیمورتاش را خورد و در سال 1311 از طریق بغداد و ترکیه به ایران بازگشت و در عمارت کلاه فرنگی اقامت گزید ولی همیشه تحت نظر بود. چندی بعد او را به اتهام بدهکاری 3000 ریال به زندان می اندازند و تحت شکنجه های فراوان قرار می دهند تا سرانجام در سال 1319 به دستور رضا شاه پزشک احمدی به او آمپول هوا تزریق کرد. از مدفن فرخی اطلاعی در دست نیست.

غير از مقاله های سياسی آتشين, از فرخي ديوان مختصری حاوی غزليات و رباعيات او برجاست که چندين بار در تهران چاپ شده است. او بيشتر غزلسراست. محتوای غزل او نه عشق و عواطف شخصي بلکه سياست و مسائل حاد اجتماعي است, فرخی سوسياليست مآب و طرفدار کارگر و رنجبر است. مايه اصلی شعرش همان مسائلی است که سيد شرف الدين, عارف, عشقی و بهار طرح کرده اند. او در عصر خود تنها شاعری بود که جهان بينی ثابت داشت و سرانجام بر سر همين امر هم جان باخت.